优点

发行电子发票将大幅节省企业在发票上的成本，节约发票印制成本，而且不包括企业发票管理间接成本。而且电子发票系统可以与企业内部的ERP、CRM、SCS等系统相结合，发票资料全面电子化并集中处理，有助于企业本身的账务处理，并能及时给企业经营者提供决策支持。
电子发票在保管、查询、调阅时更加方便，也便于电子商务网站为消费者提供更加方便的服务。而且可以减少纸质发票的资源浪费现象，将减少森林的砍伐，更加的环保，符合未来人类的发展。
网络发票的推出是国家规范电子商务纳税的必然方式，这有利于国家对网络交易的监管，也有利于维护消费者的合法权益。

缺点

电子发票的普及实施，对网购市场一直赖以生存的价格优势将带来严重的考验，不少商家会把电子发票的成本施加到消费者身上，而最终导致产品的价格走高。一些正规的电商都可以开具纸质发票，如京东商城、当当网、天猫商城等等，虽然这些产品的价格相较淘宝平台价格稍微高出一点，但是给消费者一种规范感，也更加的安心。而淘宝平台是以C2C(个人对个人)的模式，因为C2C商家大多数都未在工商部门注册，所以在开具发票方面就存在障碍。但是也因为如此，C2C的方式比B2C方式少了很大一部分税收的成本，产品的价格自然就更加低廉。
在电子发票普及开后，C2C的普通商家将不能再"幸免"，对网购物美价廉的优势带来打击。这也使得大家对于电子发票的普及虽支持但又犹豫不决，所以政府发布之后过了几个月才有商家正式着手实施。
尽管国家已经明确了电子发票的法律效力、基本用途等都与纸质发票相同，电子发票同样可以报销入账，但北青报记者在采访中发现，很多企业财务人员对于电子发票都是感到头疼。
"由于是消费者自行打印，所以在纸质、打印效果上都会有所差异，这就相当于把原来发票的物理防伪性能都取消了，鉴别真伪的责任全都推给了财务人员，这个责任确实太大了!"有企业财务人员表示，他们通常会建议员工尽量选择开普通发票的商家消费，但越来越多商家只提供电子发票，给不给报销这些发票往往会在员工与财务人员间产生分歧。
另外，电子发票可以重复打印的特性也使如何防范重复报销成为企业财务人员面临的问题。有企业的财务人员就专门做过试验，同一张电子发票在复印后和原发票几乎一模一样，如果用来重复报销，财务人员根本无法识别。对此，多数财务人员能采取的方法只能是把报销过的每张电子发票编号记下来，每次报销时都要查询一遍这张发票是否已经报销过，这无疑增加了工作压力。

电子发票在使用、查询和管理过程中比纸质发票要方便许多，只是对于一些行业有一定的影响，不过电子发票才兴起不久，同时现在也在大力推行电子发票，对于这些有影响的行业还是会做出相应的解决措施的，去适应整个市场。融汇通达电子发票服务平台。