1.重复纳税的原因主要有三个大的方面的原因，其一是现有税制的原因导致的重复纳税；其二是企业企业自身生产经营活动和涉税处理不当导致的重复纳税；其三是国与国之间对纳税人统一收入所得重复征税问题。

2.税制的原因。就是税收政策的原因。举例说明一下：比如目前的增值税简易计税，小规模纳税人A把房子租给小规模纳税人B，租金不含税价格100万，征收增值税5万，如果小规模纳税人B再把房子租给小规模纳税人C和D，分别收租金不含税收入各60万元，合计应征收增值税6万元。实际上这个环节增值只有20万元，但是是120万元收入征的增值税。

3.企业本身生产经营活动涉税处理不当的原因。举例说明一下：某企业集团成立了一个房地产开发公司，同时也成立了一个从事房屋租赁的公司。房地产开发公司在营改增以前开发了一个写字楼租赁给集团内房屋租赁公司，一年租赁费不含税金额1000万元，房屋租赁公司再租给一个个客户一年收取租金不含税金额1500万元。这种情况对集团征收增值税2500万*5%=125万元。如果把两家公司合并，缴纳增值税1500*5%=75万元，两者相差50万元。这里面实际有1000万元收入对集团来说就是重复纳税。

4.国与国之间的重复纳税。在国外取得一项收入在外国可能要征税，国内可能也有征税权，这里面就会有一个重复征税问题。