1、审计目标不同。内部审计：对组织内部的经营活动和内部控制的适当性、合法性和有效性进行审计。注册会计师审计：对被审计单位的财务报表的合法性和公允性进行审计。

2、独立性不同。内部审计：为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱。注册会计师审计：为需要可靠信息的第三者提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。

3、接受审计的自愿程度不同。内部审计：内部审计作为内部控制的重要组成部分，单位内部组织必须接受内部审计人员的监督。注册会计师审计：注册会计师以独立的第三方对被审计单位进行审计，委托人可自由选择会计师事务所。

4、审计标准不同。内部审计：内部审计人员遵循的是内部审计准则。注册会计师审计：注册会计师遵循的是注册会计师审计准则。

5、审计时间不同。内部审计：通常采用定期或不定期审计，可随时进行审计。注册会计师审计：通常是定期审计，每年对被审计单位的财务报表审计一次。

两者的联系：

1．由于内部审计是单位内部控制的一部分，外部审计就须对内部审计的设置和工作情况进行了解。

2．内部审计与外部审计在工作上具有一致性，注册会计师审计可以利用内部审计工作成果。

3．利用内部审计工作的成果，可以提高审计效率，节约审计费用。