一、国家政策依据不同
1、国家高新技术企业认定管理办法是为扶持和鼓励高新技术企业的发展，根据《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》，国家知识产权战略发展规划、中国加入国际组织（WTO）等一系列政策的指引与配套政策出台下诞生，主要是规划、引导企业的生产、科研、日常制度等规范化，符合国家相关战略思路。
2、软件企业认定管理办法是关于贯彻国务院鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策实施意见，进一步推动本市软件产业和集成电路产业的发展，结合本市实际情况，制定的相关政策。

软件产业是知识经济时代的主导产业，对推动经济发展具有极其重要的战略意义。运用市场机制，优化资源配置，鼓励自主创新，通过在政策、资金上予以特别支持，推动软件产业的跨越式发展，保持软件产业在全国的领先地位，并尽快达到或接近国际先进水平。

二、政府审批部门不同
1、高新技术企业认定由各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门联合评审。
2、双软评估由软件协会负责评审。

三、有效期限和年审规定不同
1、高新技术企业有限期为三年，三年复审，第六年重新认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关规定报统计和科委备案，同时在地方企业所得税减免所办理减免备案。
2、软件企业实行每年年检，根据软件企业管理办法规定的指标和资料，提供相关资料，每年的六月份之前办理软件企业年检，如果通过了，可以享受上一年度的企业所得税减免，如果没有通过，不能最享受企业所得税减免。

四、所享受的企业所得税优惠不同
1、高新技术企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税由原先的25%减少为15%。企业需要每年在税务局做高新技术企业备案，通过后，才能享受到优惠政策。
2、软件企业认定，在税务局备案后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。享受完五年优惠后，不再享受任何企业所得税优惠政策（包括高新企业优惠政策），企业所得税按照25%征收。