关于修改公司章程，《公司法》中有相关的规定。

首先，我们能够明确，修改公司章程的职权在股东会或股东大会。《公司法》第三十七条第一款规定，“股东会行使下列职权：……(十)修改公司章程；……”第九十九条规定，“本法第三十七条第一款关于有限责任公司股东会职权的规定，适用于股份有限公司股东大会。”

其次，我们来看看修改流程。

第一种流程，有限责任公司股东书面表示同意。《公司法》第三十七条第二款规定，“对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。”对于这一点，你的问题中由于有股东不同意，所以无法采用。

第二种流程，股东会会议或者股东大会会议通过。

《公司法》第四十一条第二款规定，“股东会应当对所议事项的决定作成会议记录，出席会议的股东应当在会议记录上签名。”第四十三条第二款规定，“股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”这是有限责任公司。

股份有限公司，《公司法》第一百零三条第二款规定，“股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。”第一百零七条规定，“股东大会应当对所议事项的决定作成会议记录，主持人、出席会议的董事应当在会议记录上签名。会议记录应当与出席股东的签名册及代理出席的委托书一并保存。”

这个问题中提到了“超过三分之二的股东已同意变更章程”，这就好办了。就“修改公司章程”事项召开股东会或者股东大会，由代表三分之二以上表决权的股东表示同意，将决定作成会议记录，有限责任公司让出席会议的股东在会议记录上签名，股份有限公司让主持人和出席会议的董事在会议记录上签名，即可。