首先你基本可以放心，对方把你公司的商标是报上去了。网上申报是当天申请，隔天出注册号。对方发给你们的PDF文件就是申请书。商标局的受理通知书可能在3个月左右甚至更久，也可能快些回下来（天朝的政府机构办事已经没有定准了，只能等）。

其次，只有注册商标，没有注册品牌。商标和品牌是两个概念。商标可以说是一个法律意义上的概念，具有唯一性和专有性，注册机构为国家商标局。
而“品牌”是一个泛的概念。广义的“品牌”是具有经济价值的无形资产，用抽象化的、特有的、能识别的心智概念来表现其差异性。狭义的“品牌”是一种拥有对内对外两面性的“标准”或“规则”。（l来自百度百科）
简单来说，只有商标需要注册，品牌不需要注册，任何一件商标，其拥有人或者他人都可以将它视为“品牌”，只是其品牌的知名度、价值高低不同而已。

第三，代理公司说注册商标只需要注册楷体，LOGO随意添加即可。这是非常不专业甚至错误的说法。商标注册是个什么模样，使用的时候就应该是个什么模样。如果注册的时候是正楷，使用的时候变成了你们设计的艺术字体，那么此种情况属于不规范使用。不规范使用的首先由工商部门予以查处限期纠正，情节严重者可以撤销其注册商标。退一步讲，为了保持商标注册和使用的统一性，更好的进行传播和塑造品牌，都应该在申请注册的时候讲商标设计好，怎么注册就怎么使用。
商标注册成功后，再加其他的LOGO当然可以，但是此LOGO不属于注册商标范畴，不受保护。万一你的LOGO和别人雷同，情况好没什么问题，情况不好，等于是给自己埋了颗不定时炸弹。