更换股东、修改认缴出资比例应该先进行哪一步呢？

同时办。

用一份股东会决议确定三件事：

1、全体股东同意股东C将其2万元股权分别转让给股东A和股东B各1万元；

2、全体股东同意股东C将其剩余的3万元股权全额转让给非股东自然人D；

3、全体股东同意自然人D通过买够股权的方式成为公司股东，同时同意原股东C退出公司，解除投资关系。

这份协议由ABC三人签字，D尚未进入。

然后出具另一份股东会决议：

经全体股东同意，公司股权结构变更为A6万元占股40%、B6万元占股40%、D3万元占股20%；并委托XXX与工商局接洽办理股权变更登记事宜。

这个协议由ABD签字。C就正式消失了。

两份协议可以是同一天，但编号要注意顺序。

变更的时候工商局可能会按照他们的要求让你重新编制一份或两份股东协议，日期也可能不是真实的日期，这个无所谓，工商局怎么要求就怎么弄，他们不求真实，只求企业档案整齐划一好看。是典型的形式主义。照办就是了，你自己企业内部存档要存真实的。

以上只是完成了一半工作，即完成了公司对政府工商管理部门之间的那部分，还有一部分是股东之间股权的交割，用《股权转让协议》来确定。

股权转让协议比较简单：

经某公司某年第某次股东会决定，股东C转让其所有股权的20%给股东A，转让价格为某元，以现金（或转账）形式于某月某日前支付，在转让金付讫时生效，股东C的收款收据为本协议附件，无附件协议无效。

这个协议C要分别跟ABD三人签署，AB各20%；D60%；股权要用比例来定义，不能按金额定义，因为股权价格是会变的，当初C投入的5万元，可能现在估值是10万，那么，原先价值1万元的股权，A就要用2万元来购买（当然你们之间也可以原价转让或降价转让甚至0元转让，在于商量了）。本来C的股权要用33.3333%来定义，但由于除不尽，为了避免表达歧义，就以他所有股权为整体来讲比例了。

股东会决议是给工商局看的，这个转让协议才是你们股东之间的法律关系变更凭据，将来万一出现了股权纷争（如C的直系亲属主张股权并未转让），ABD手中的转让协议和收款收据，比工商局的登记资料更具法律效力。